โรงเรียนบ้านขะเนจื้อจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2500 ณ หมู่ที่ 7 ตำบลขะเนจื้อ อำเภอแม่ระมาด จังหวัดตาก ซึ่งเป็นหมู่บ้านชาวไทยเชื้อสายกะเหรี่ยง         
        แรกเริ่มตัวอาคารสร้างด้วยเสาไม้ ฝาไม้ไผ่ขัดแตะพื้นปูด้วยฟากไม้ไผ่ โดยทางราชการและราษฎรร่วมกันสร้าง และเปิดเรียนครั้งแรกเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2500       
        ปี พ.ศ.2513 ทางราชการเห็นว่าโรงเรียนนี้ไม่สามารถขยายได้ เพราะเนื้อที่คับแคบและล้อมรอบด้วยบ้านเรือนราษฏร จึงจัดหาที่ให้ใหม่
        คือที่ตั้งในปัจจุบัน ด้วยพื้นที่ 5 ไร่ 3 งาน 46 ตารางวา (เอกสารสิทธิ์ นส3 ก. เลขทะเบียน 328 ตำบลขะเนจื้อ อำเภอแม่ระมาด จังหวัดตาก)
        ห่างจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาตาก เขต 2 ประมาณ 38 กิโลเมตร และได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ซ จำนวน 1 หลัง       
        ปี พ.ศ. 2533 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนชั่วคราว แบบกรมสามัญ จำนวน 1 หลัง       
        ปีการศึกษา 2543 ได้เปิดห้องเรียนเคลื่อนที่บ้านห้วยปลากอง โดยการสนับสนุนจากชุมชนในการจัดสร้างอาคารสถานที่เรียน
        องค์การบริหารส่วนตำบลขะเนจื้อสนับสนุนงบประมาณเพื่อการพัฒนาการศึกษาตั้งแต่ปีงบประมาณ 2546 และโอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนตำบลขะเนจื้อ ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม ปีการศึกษา 2552
        ปัจจุบันโรงเรียนบ้านขะเนจื้อเปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล 2 ถึง ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 รวม 31 ห้องเรียน